貧しい人々の為の医療施設・小石川養成所に派遣されることとなった医師・保本登。彼は不本意な環境に不満をつのらせるが、懸命に生きる人々と接し、所長・赤ひげの医療技術の深さを垣間見るうちに、だんだんと変わっていく…。