西暦2199年。地球人類は謎の侵略者ガミラスの圧倒的力の前に、絶滅の危機に瀕していた。そんな時、大マゼラン星雲の星イスカンダルの女王スターシャからのメッセージが届き…。人類の未来を賭けたヤマトの冒険が始まる。